乐生活从鲤形目在演化上与人类已知的任何一支鱼类分离，到最早的鲤形目化石出现在古新世晚期的地层中，时间可能已经过去了超过1亿年。
晚三叠世至中侏罗世，在尚未隔绝的盘古大陆上，早期的耳鳔系开始了它们最初的分化。鲤形目的祖先作为最基础的耳鳔系鱼类，在这时就已经与脂鲤目、鲇形目和裸背鱼目的祖先分离，当劳亚古陆与冈瓦纳古陆最终分离，鲤形目成了劳亚古陆上唯一的耳鳔系鱼类。
然而，脂鲤目与鲇形目的化石在白垩统就已经出现，及至晚白垩世结束，鲇形目的分布已经相当广泛，然而诺大的劳亚古陆却没有发现一块中生代的鲤形目化石。分子系统发育分析显示，所有现生鲤形目类群都分化自白垩纪后，而在此之前，鲤形目的演化树是一条直线。
在中生代的那段时间里，劳亚古陆的鲟鱼、全骨鱼和骨舌鱼总目，就相当于今天的鲤形目。
这一亿余年，鲤形目又去了哪里？它们与裸背鱼目一样早早分化却没有留下对应时期的化石，最早的脂鲤化石年代几乎是最早鲤形目化石的三倍。显然，这其中的原因大概出在当时鲤形目尚不繁盛上，也许正是因为白垩纪-古近纪灭绝事件扭转了劳亚淡水鱼类之间的地位差距，鲤形目才得以在新生代初忽然崛起，化石记录也随之迅速增多，但中生代的鲤形目却已然成为一个谜团——它们究竟长什么样？目前还没有人知道，耳鳔系中第二个分化的类群是裸背鱼目，它们如今已经高度特化，要从这个类群身上来探究早期鲤形目的模样，也已经不现实了。
起源时间甚早而化石记录颇晚，鲤形目作为世界鱼类第一大目，大概也足以像曾经的多鳍鱼目一样被称作“幽灵世系”吧。
